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石慧花了十多日才将身上的毒素清除大半, 余下毒素无法清除唯有用内力压制, 便成了宿疾。事实上她也赌对了，秦王事后不仅没有因为投毒之人是吕不韦而迁怒石慧, 反而对他们母子信任有加。
秦王还想着此事过后再寻吕不韦报仇, 没想到吕不韦的病却越来越厉害, 到了后面竟然连自己是谁都不记得了。看到仇人变得这般模样, 秦王都提不起兴趣报仇, 抑或到底记挂几分旧情，无意赶尽杀绝。
不过吕不韦的仇人也不是只有秦王，不说其他人，只杨泉君就是个难缠的。
秦王稍愈之后，对于成蛟外交吕不韦想要谋取王位之事颇为愤怒。念起年幼为人蒙骗，将之软禁在别院读书。再想到这段日子，闭门不出的杨泉君, 又想起了这位舅舅的好处。杨泉君支持成蛟, 不过是为了压过吕不韦, 对秦王却是忠心的。
而秦王中毒期间，华阳太后不仅没有趁机为杨泉君活动, 支持成蛟王子, 反而力助嬴政稳定前朝与后宫局势, 让嬴政对这位嫡祖母颇为信重。看在华阳太后的面子上, 嬴政倒也无意追究前事。
于是，杨泉君再次恢复了左丞相之职。杨泉君得势，吕不韦自然就要倒霉了。杨泉君可不是什么君子, 不做落井下石之事。偏吕不韦对秦王那些恩情都被消磨光了，只要杨泉君不欺负到明面上，根本没有过问。
吕不韦的几个儿子撑不起门面，若非女儿吕娘蓉情定项少龙义弟荆俊，项少龙为吕家求情，只怕吕家连咸阳城都呆不下去。
同时，或是没有武功的缘故，秦王解毒后的身体倒是比余毒难清的石慧还要虚弱一些。于是嬴政从临时代政变成了长期辅政，每日将大臣们呈奏之事列了条成，再送到秦王面前阅览用印。因需秦王用印，大臣们连以太子年幼反对其参政的理由都没有了。
嬴政手段虽然略显稚嫩，然身后有秦王悉心指点，又有李斯、项少龙、甘罗等出谋划策，行事颇为稳妥。太子辅政第一件事情便是令蒙骜为主帅，王贲、角为副将进攻赵国，连克赵国三十多座城池。
秦赵之战，秦国大获全胜，赵国求和。秦王大悦，又准备以蒙骜为主帅乘胜追击继续攻打魏国。
“父王，攻打魏国之事千万三思。”嬴政知道此事之后却是极力劝阻，“攻打魏国，当先除信陵君，以避免各国联合起来对付大秦。”
信陵君卫无忌可不是魏王那个蠢货，信陵君不仅是魏国权臣，且是合纵抗秦的支持者。一旦秦国攻打魏国，以信陵君的手段和谋略很有可能说动楚国、韩国等一起对付秦国。
秦王的身体时好时坏，便一心想要于自己在世的时候，多为大秦历代先王的大业做些什么，难免有些急功近利。但是对于嬴政的话到底能够听进去，便令蒙骜陈兵边境，只是想魏国施压，没有开战。
为了平息秦王不能攻打魏国的郁气，秦王千秋之时，嬴政特奉上了一件大礼——一本亲手抄写的《孝经》。区区一本孝经自然算不得什么，难得之处在于这本孝经乃是纸书写的。
秦王摸着手册，颇为惊奇：“政儿，此物非绢非帛，是为何物？”
“禀父王，此物乃纸，作书写之用，以树皮、麻头、破布、渔网等寻常之物制成。儿臣命人实验多时，已经在咸阳城外建起了一座造纸作坊，可批量生产。”嬴政笑道，“我大秦既有此物，可效仿稷下学宫，建一座咸阳学宫，广邀天下名士齐聚咸阳，父王以为何？”
“此法大善！”秦王欣然道。
“孩儿已经派人去邀请邹衍等各学派大师前来咸阳共襄盛举。”嬴政继续道，“若有此物在手，我大秦就可以掌握百家学说，父王也定然能够名垂千史。”
“哈哈哈~寡人有政儿，当真是如得臂膀。”想到前日官员奏报曲辕犁果然对提高耕作效率颇有成效已经在大秦全面推广，而《鲁公秘录》中许多攻城器械更是被作用于此次攻打赵国，大大降低了攻城伤亡，秦王大悦。
不仅同意了嬴政开办学宫的提议，还当即指点了一处别宫加以改建以作学宫之用。嬴政才派人去邀请邹衍，没想到邹衍倒是先一步带着干女儿琴清到了秦国。
邹衍精于星相，早于星相之上推断秦国将一统天下，然帝国在统一之后只会存在十五年。没想到近来，星相却有所改变，不仅新圣人难以揣度，就连秦国国运也多有变动。怀着好奇心，邹衍一路往咸阳而来。
嬴政收到消息，立即派了房和甘罗亲往咸阳城外迎接。学宫已在筹建，邹衍的到来让嬴政很是高兴，力邀邹夫子主持学宫事宜，然邹衍却以年老体衰推拒。
石慧于是亲自出宫拜见邹夫子，说动了邹夫子的干女儿琴清主持咸阳学宫，邹衍也答应留在学宫讲学。琴清虽然年轻，却才学过人，且与邹衍一样不拘泥于一家学说。有琴清主持学宫，想必能够不偏不倚，让百家学说在咸阳学宫绽放。
秦国通过使臣和商队，将秦国的纸传播到各国，又放出邹夫子和琴清于咸阳主持咸阳学宫的消息，不过两三月，便从者云集。就连出过权臣李园等也带着厚礼眼巴巴前来秦国出使。
李园等人虽然是冲着琴清而来，醉翁之意不在酒，然这些人的出现却大大提高了咸阳学宫的知名度，一时间咸阳学宫热闹非凡。通过咸阳学宫的议学、论政等，大秦选取了一部分人才。
石慧为了教导嬴政，花费了无数心血，最重培养他的大局观，嬴政的目光自然而然也比较长远。这次秦国攻克赵国三十多个城池，嬴政不过数日就抽掉了大量基层官员前往这些城池主政。然也意识到大秦统一路上将要面临的许多问题。
这次开设学宫，便是有意借学宫大量培养人才，为将来一统天下后治理地方做准备。然各国贵族显然都没有意识到秦国的野望，如李园等还在咸阳学宫大抒己见，如开屏孔雀一样急于表现自己。
赵国被连克数城之后，秦国又陈兵于边境，韩王每日惴惴不安，担心韩国成为秦国下一个目标。于是韩国君臣苦思许久，想出了一个疲秦之计，送来了一个精通水利的郑国，帮助秦国修筑水渠。
嬴政一面扣下郑国，一面派使者去韩国质问韩王，直言韩王不安好心。一番危言恫吓，吓得韩王在王位上两股战战。最后使者言明将公子韩非送到秦国为质，或许能平息秦王之怒。
于是，全无骨气可言的韩王想也没想就答应了此事，将韩非打包送去秦国了。嬴政很是高兴的将郑国丢到下面修水渠，又将韩非扔进学宫主持法学院。
所谓法学院却是项少龙的建议，学宫建立初期，各派多有争执。项少龙就给出主意将学宫分为法学院、儒学院、墨学院、兵学院以及杂学院等等。
韩非虽然忠于韩国，难忘故国，不过他对学问是再严谨不过。将韩非留在学宫潜心治学，不让他干涉秦国政事便可。当然嬴政也安排了人在韩非身边伺候，谨防他做出危害秦国利益的事情。
咸阳学宫建立的第二年，甘罗以十二岁稚龄出使赵国，巧妙地利用秦、赵、燕三国关系，从赵王手中为秦国得五城，进封上卿。后赵国攻下燕国三十城，将其中十一城赠秦。如此秦国不费一兵一卒得了十六座城池。甘罗十二岁拜相，秦国重才之名更是广为传颂，咸阳学宫也越发兴旺。
咸阳学宫的开设为大秦培养了大量各式各样的人才。而《鲁公秘录》以及被收拢的墨者行会更是大大提高了秦国的生产力和战斗力。因为工具的改进，郑国渠的修建工期更是大大缩短。
这一切都让大秦蒸蒸日上，秦国兴盛之势锐不可当。
如此到了秦王中毒的第三个年头，嬴政十六岁，秦王的身体也是一日不如一日，到了年底已经食不下咽。
石慧请动华阳太后出面提议秦王提前为嬴政举行冠礼。这几年，嬴政辅政，行事果决，秦王也颇为满意。
秦王也担心自己死得早，太子登基却无法亲政，以至于大权旁落。此事并非没有先例，秦武王嬴荡十八岁即位，还有宣太后把持朝政之事。如今，王后亦是身体孱弱，且鲜少参与政事，可没有太后把持朝政，也可能出现权臣。
如今华阳太后的提议正得秦王之心，秦王当即令人为太子准备冠礼。提前行冠礼之后，一旦秦王驾崩，太子登基便可亲政。大秦既然有个十二岁的丞相，如今有个十六七岁的大王也没什么好奇怪了。
于是为太子提前行冠礼的决定在少数人反对无效之后，就被定下了。
秦王终究没有熬过这个冬日，嬴政的冠礼结束后第三日，秦王便辞世了。
当看到那个挺拔的少年，穿着黑色的冕服登上王位，石慧明白她的任务已经完成了。
秦王政三年，生母姬太后病逝，秦王哀痛不已，竟至晕厥。
赵国趁秦国国孝出兵秦国，秦王政奉太后遗命，以王翦为主帅，令秦军征赵国。赵国权臣巨鹿侯赵穆为楚国奸细身份被揭穿，杀死赵王及屠杀赵王室成员逃反楚国。
秦太傅项少龙率领墨家高手乔装进入赵国，趁乱劫走李牧家眷族人。李牧降秦，赵亡，秦王政收编赵军抵御北部匈奴。
秦王政五年，郑国渠修筑完成，关中为沃野，秦以富强。次年秦国灭韩国，俘韩王安，设颍川郡。
秦王政八年，燕国太子丹派荆轲刺杀秦王。荆轲被秦王亲手斩于剑下，秦国以王翦领兵攻燕，次年攻破燕都蓟，燕王杀太子丹求和。
……
秦王政十六年，王贲率军南下攻打齐国，齐王建投降，齐亡。
至此秦灭六国，一统天下。秦王政创建皇帝尊号，自称始皇帝，追封秦庄襄王为太上皇，姬太后追尊为帝太后。秦始皇规定皇帝自称朕，命改为制，令改为诏。